霧島六社権現の一つで、ニニギノミコトを主神とし、相殿にコノハナサクヤヒメ、ヒコホホデミノミコト、トヨタマヒメ、ウガヤフキアエズノミコトほかを祀っている。
古は高千穂河原にあったものが、遷された。
主祭神はミケイリノミコト。創建後、千百余年とされている。高千穂郷の総社。境内には樹齢800年を越す老杉が神さびた雰囲気をつくっている。神社では毎晩夜神楽が奉納されている。本来は11月~2月にかけて各集落で行われるものを観光客のための特別サービス。
イザナギ・イザナミの二神を祀る。男岳と女岳と2つある二上山は「日向国風土記」では天孫降臨の山と記されている。人里離れた森厳の地に鎮まる。海抜1,000m、前は絶壁、まさに聖地。ここからの眺めは崇高。
神武天皇の孫・タケイワタツノミコトが、高千穂から阿蘇に向かう途中立ち寄って、幣を立てた天神地祈を祀った地とされている。が、それ以前より神が棲み給う社といわれ由来は遥か古代に。
九州地方ばかりか、全国、全世界から信者が集う。「五色神面」とモーゼにより運ばれたとも伝えられる「水の玉」が神宝として納められているという。